Alors qu'il est en humanités (Latin-Math), Matty Cilissen apprend la flûte, le piano et la musique de chambre à l'académie de musique d'Eisden-Maasmechelen.
Il poursuit sa formation musicale supérieure aux Conservatoires royaux de Bruxelles, de Gand et d'Anvers, Maastricht ainsi qu'à l'Institut Lemmens de Louvain où il suit les cours de direction notamment avec François De Ridder, Jan Cober, Norbert Nozy, Jan Hadermann, Dirk Brossé et Jan Van der Roost. Il assiste aussi aux cours de flûte traversière -piccolo avec Gaby Van Riet et Wim Tonnaer. Ses études seront sanctionnées par 4 diplômes de Master. Parallèlement, il étudie l'histoire de la musique, l'orchestration, la percussion, l’analyse musicale du 20e siècle, l’harmonie, le contrepoint, la musique de chambre et la philosophie musicale.
En novembre 2004, Matty Cilissen obtient un master de direction d'orchestre (cum laude) au conservatoire de Maastricht et en 2005, celui de direction d’orchestre symphonique (cum laude) à l'Institut Lemmens de Louvain. Il complète sa formation par les master classes d’Yvon Ducène et Jorma Panula
Dans le même temps, il est chef invité de l'Orchestre national de Belgique, de la Musique royale des Guides, du Symphonic Factory, du groupe New Brass Directions, de l'Orchestre Symphonique du Nord des Pays-Bas, des Musiques royales de la Défense néerlandaise, de la Bläserphilharmonie de l'Allemagne du Sud-Ouest et du Rundfunkblasorchester de Leipzig (DE) et du Belgian Brass. A cela s'ajoute la direction des orchestres de conservatoire d’Anvers, de Louvain, etc.
Il dirige l’enregistrement de CD avec le Grand Orchestre d'Harmonie Sainte Cécile de Eijsden, aux Pays-Bas, la Bläserphilharmonie de l'Allemagne du Sud-Ouest, la Musique de la Marine belge et le Rundfunkblaserorchester de Leipzig (Allemagne).
Dès le début de sa carrière Cilissen se forge une certaine renommée en tant que chef d’orchestre d’ensembles à vent. Il est lauréat de plusieurs concours tels que celui de musique du monde de Kerkrade, le Concours de musique légère TEMA Tielen, le Certamen de Altea (Espagne) etc.
En 2006-2007 il entraîne la section des bois de l’Orchestre (symphonique) des jeunes des Pays-Bas (NJO), où il assiste e.a. Reinbert de Leeuw et Mark Wigglesworth.
Membre du jury de la Commission technique provinciale et nationale du Vlamo, Cilissen est aussi régulièrement invité à diverses compétitions internationales.
En 2007 après avoir brillamment réussi le concours d’admission d’Officier Chef de Musique (il y obtient les meilleurs résultats artistiques) de la Défense belge, il est commissionné au grade de Chef de Musique de la Musique royale de la Marine fin 2008. Dans la foulée il devient Chef de l'Orchestre symphonique à vent Philips à Eindhoven (succédant ainsi à Pierre Kuijpers).
Depuis le 1er Janvier 2010, Matty Cilissen est Chef de Musique de la Musique Royale de la Force Aérienne à Beauvechain
